建设期间，该工程对环境影响主要有噪声影响和占用广东内伶仃岛-福田国家级自然保护区中福田保护区红线范围内的管理局办公和科研展览区用地5.6公顷等。环评报告显示，该用地未划入核心区、缓冲区或实验区，距离保护区实验区边界140米。

       环评单位建议采取围挡、洒水抑尘、避开鸟类繁殖期(3月底)、加强生态监测和植被恢复等措施减少对保护区内禽鸟的影响。环保部公示资料显示，目前国家林业局对涉及广东内伶仃福田国家级自然保护区的工程建设内容已经出具行政许可。

       地铁9号线同地铁11号线、7号线一样，采用b t模式建造，建设单位为深圳地铁集团，施工单位为“中建南方投资有限公司”。该公司相关负责人透露，9号线项目3月中旬已经开展工程前期准备工作，此前因涉及到自然保护区内用地在环评时曾有环保专家持谨慎态度。此次环保部顺利批复后，全线建设工程将全面开工。按照规划，9号线2014年7月完成车站土建主体，2015年3月全线隧道贯通，2016年9月开始试运行，2016年12月开通试运营。